Snabbtest av mykoplasma byggs på mönster i blodet

Hur kan man snabbt avgöra om en lunginflammation beror på mykoplasma? På bakt lab på Norrlands universitetssjukhus har man använt så kallad metabolomik i försöken att få fram snabbdiagnostik.

Alicia Edin och kemisten David Mûller använder metabolomik för att få fram snabbdiagnostik av mykoplasma.
Alicia Edin och kemisten David Mûller använder metabolomik för att få fram snabbdiagnostik av mykoplasma.

Metabolomik är läran om kroppens metabola mönster – en ögonblicksbild av alla de nedbrytningsprodukter, metaboliter, som finns i blodet vid ett visst tillfälle. 

– Tidigare har man mest tittat på enskilda markörer eller grupper av ämnen som CRP, socker eller elektrolyter. Men med metabolomik kan man titta på hela ämnesomsättningen – alla produkter – samtidigt, berättar läkaren och forskaren Alicia Edin. 

Kort sagt handlar det om mönster; om kombinationer av aminosyror, små peptider, sockerarter, fettsyror och cellkomponenter, olika efter person, livsstil och allmäntillstånd. 

Analysen har gruppen gjort i Samarbete med Swedish Metabolomics Centre, SMC, i den stora metabolomikplattformen vid Umeå universitet. 

Enorma datamängder

För att skapa mönstret använder man så kallade multivariata statistiska metoder. Eftersom datamängden är enorm med mer än 1 500 variabler har man tidigare haft svårt att göra sådana analyser. 

– Men numera går det och det är jättespännande. Egentligen är det likt vad jag som doktor gör i huvudet när jag möter patienten. Men här tittar man bara på blodet och försöker hitta mönster i mängden av data. 

Analysapparaten levererar siffror i ett enormt Exceldokument som sedan gruppens kemister, läkare och molekylärbiologer hjälps åt att tolka. 

Hittade tydligt mönster

I det aktuella fallet handlade det om en pilotstudie, där gruppen ville se hur mönstren såg ut hos sjukhuspatienter med lunginflammation. 

– Hypotesen var att olika typer av infektioner i lungorna skapade olika, tidigare inte kända mönster och att de skulle kunna ses med metabolomik. Och precis så var det, berättar Alicia Edin. 

Forskargruppen upptäckte snabbt att de som infekterats av mykoplasma skilde sig kraftigt från alla andra patienter. Med hjälp av bara några enstaka metaboliter kunde de skilja grupperna från varandra. 

– Ett snabbtest gör att man kan sätta in rätt behandling på en gång i stället för att vänta på svar från manuell analys, säger Alicia Edin. 

Minska antibiotikaförskrivning

Vanligt penicillin har nämligen inte någon effekt mot mykoplasma. Är man inte så sjuk att man behöver sjukhusvård kan man som regel slippa behandling. Ett snabbt svar skulle alltså kunna minska förskrivning i onödan. 

– Ett snabbtest handlar inte bara om att behandla snabbt utan om att behandla rätt. Risken för antibiotikaresistens måste tas på allvar, menar Alicia Edin. 

Ur mönstret kan man sedan urskilja markörer man vill fokusera på och sedan utveckla analysmetod för ett patientnära test. Att det är patientnära är viktigt och Alicia Edin lyfter fram tumörforskningen som kommit långt. 

– Ett av de mest eleganta exemplen har utvecklats av en ungersk forskare och används redan i England. Det är en diatermikniv som direkt på operationsbordet analyserar gas för tumörceller! 

Trubbiga instrument

Med metabolomik kan man också följa ett infektionsförlopp över tid. Vanliga prover och patientens egen beskrivning av tillståndet är, menar Alicia Edin, trubbiga instrument för att bedöma hur svår en sjukdom är. 

– Det här ger bättre känslighet. Vi kan jämföra sjuk med frisk och med nästan frisk och på så sätt hitta markörer för både tillfrisknande och för när effekten av behandlingen uteblir. 

Med metabolomikens hjälp kan man förstå vilka ämnesomsättningssystem som är rubbade. Och det kan i sin tur ge nya möjligheter att ställa diagnos, avgöra prognos och behandla. 

– Fynden är spännande, men det mest spännande är möjligheterna med sättet att se på data. Det här hade vi aldrig kunnat göra för hand, säger Alicia Edin. 

Så spännande är resultaten att studien i våras belönades av infektions- och mikrobiologikongressen ECCMID i Köpenhamn som ett av kongressens ”outstanding abstracts”. I sommar går gruppen vidare med att identifiera de ämnen som skiljer ut sig och sedan se vilka specifika system som är rubbade. Efter det är det dags att publicera resultaten. 

– I nästa steg ska vi göra en studie på nya patienter för att validera det material vi redan har. Den här gången ska analysen vara mer inriktad på de ämnen vi identifierat, berättar Alicia Edin. 

Text: Greti Ohlsson
Foto: Jan Alfredsson

Tillbaka till nyhetslistan