Odlingsdiagnostik, substratavdelning och provhantering

Odlingssektionen är stationsindelad. Personalen som arbetar på stationen läser dagligen av odlingsplattor där patientprovet är utstruket och bedömer tillväxten av bakterier. Dessa typas sedan vidare med olika metoder och för många bakterier görs även resistensbestämning för att se vilken typ av antibiotika som bakterien är känslig för.

Allmänodling

En station med stor bredd på proven. Odlingar från sår, abcesser, främmande kroppar och bett är exempel på vad som omhändertas. Odlingen sker både med tillgång till syre, aerobt, och utan tillgång till syre ,anaerobt. Hur odlingen bedöms och arbetas vidare med styrs till stor del av informationen på remissen angående patienten och var på kroppen provet är taget.

Generellt kan sägas att anaerob odling ofta tar rätt lång tid då den typen av bakterier inte växer så snabbt.

Vid växt på kromogena odlingsmedium får bakteriekolonierna olika färger beroende på vilken art det är.

Blododling

Blododlingsflaskor från regionen inkuberas i speciella värmeskåp på laboratoriet. Vid bakterieväxt i någon flaska larmar den och flaskan omhändertas av personal. Som första undersökning görs gramfärgning av blodet för att kunna indela bakterien i grampositiv/gramnegativ och om det är en stav eller en kock. Utifrån det resultatet odlas bakterien sedan vidare på odlingsplattor och resistensbestämningar görs.

Inremitterande får telefonbesked att det växer i en blododling efter det att gramfärgning utförts.
På denna station sköts även odling och resistensbestämning av likvor.

Faeces

Här odlas avföringsprov med frågeställningar på tarmpatogener som salmonella, shigella, champylobacter och yersinia. Enterohemorragiska E. coli, EHEC, och Clostridium difficile handhas också här.

På denna station sker även avläsning av odlingar med frågeställning Methicillinrestistenta Stafylokocker, MRSA, och andra så kallade övervakningsodlingar för vissa bakterier, till exemepel Vancomycinresistenta Enterokocker, VRE.

Luftvägar

Luftvägsprov odlas och bedöms olika beroende på vilken typ av material som tagits och remissuppgifter. Till denna station kommer prov som är ganska lätta att ta och har en relativt enkel frågeställning som exempelvis svalgprov med misstanke om halsfluss.

Hit kommer också prov som är svåra att ta, till exempel bronksköljvätska på svårt sjuka patienter med komplicerade frågeställningar.

MALDI-TOF

MALDI-TOF är en förkortning av Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation Time-Of-Flight Mass Spectrometry. Med denna metod används mikroorganismers proteinmönster för att identifiera, artbestämma, bakterier och svampar. Metoden har förkortat tiden för diagnostik avsevärt vad gäller artbestämning av mikroorganismer. Metoden baseras på att en koloni av bakterier analyseras efter växt på odlingsplattor.

Från den uppvuxna kolonin tas lite provmaterial som sedan appliceras på en speciell analysplatta som sammantaget har plats för 96 prover. En matrixlösning tillsätts sedan på provet vilken stabiliserar proteinerna under laserbestrålningen och joniseringen av cellinnehållet.

Ett masspektra baserat på proteinernas molekylstorlek och laddning registreras. Masspektra är unikt för varje mikroorganism, så kallad artspecifikt ”fingeravtryck”. Provets masspektra jämförs med artspecifika masspektra i stora databaser och därigenom artbestäms mikroorganismen.

Parasit

Den huvudsakliga frågeställningen på denna station är om det finns parasiter i avföringen hos patienterna. Den diagnostiken sker genom mikroskopi idag men i framtiden hoppas vi även kunna nyttja molekylärdiagnostiska metoder.

Malaria är en annan frågeställning som också behandlas här. Även den diagnostiken sker genom mikroskopi samt att det finns snabbtest att tillgå.

Svamp

På svampstationen omhändertas prov från alla andra odlingsstationer där det visat sig växa svamp samt odlas prov som har en direkt svampfrågeställning. Det kan röra sig om allt från nagelsvamp till djupa svampinfektioner i lungorna eller blodet. Diagnostiken är mångsidig och sker genom odling, mikroskopi, avläsning av olika kromogena substrat och resistensbestämningar.

Trådsvampar artbestäms genom att personalen med ögat bedömer hur svampen ser ut på odlingsplattan och sedan kombinerar den informationen med hur färgningen av svampen ser ut i mikroskop.

Urinvägar

På denna station odlas och avläses alla urinprov som kommer in från regionen. Olika prov behandlas olika, på så sätt att olika odlingsplattor och olika antibiotika väljs, beroende på uppgifter på remissen.

Provhantering klinisk mikrobiologi

På provhanteringen sker det första omhändertagandet av prov och remiss genom sortering utifrån provmaterial och beställd analys. Då vi i dagsläget inte har elektroniska remisser scannas pappersremisserna in i ett datasystem. Därefter registreras varje prov och förses med specifika laboratorienummer. 

De flesta prov som skickas från avdelningar på sjukhuset, hälsocentraler i länet och utomlänsprov kommer först till den gemensamma provinlämningen på klinisk kemi innan de kommer till mikrobiologen. Är något prov akut så kontakta laboratoriet och hör om det finns någon här som kan ta emot provet direkt av er.

Utodling av proven är sista momentet på provinlämningen. Utifrån analysbeställning väljs agarplattor med lämpligt innehåll för bästa odlingsresultat eftersom olika bakterier har olika krav för att växa.